1、一抗選擇
（1）選擇單克隆還是多克隆抗體。
由一種克隆產生的特異性抗體叫做單克隆抗體，單克隆抗體能目標明確地與單一的特異抗原決定簇結合，就像導-彈精確地命中目標一樣。另一方面，即使是同一個抗原決定簇，在機體內也可以由好幾種克隆來產生抗體，形成好幾種單克隆抗體混雜物，稱為多克隆抗體。在抗原抗體反應中，一般單克隆抗體特異性強，但親和力相對較小，檢測抗原靈敏度相對較低，而多克隆抗體特異性稍弱，但抗體的親和力強，靈敏度高，但易出現非特異性染色（可以通過封閉等避免）。
（2）種屬來源。
家兔來源的抗體多是多克隆，而小鼠來源的抗體多是單克隆，但也有例外。根據此來源選擇相應的二抗。
（3）種屬反應性的選擇。
這一點很重要，表明這種抗體可能存在種屬差異，且這種抗體適合檢測哪種種屬動物體內的抗原。
（4）能否做免疫組化。
一抗說明書都會注明做WB、IHC、ICC、IF等，建議選擇注明的抗體（經過文章證明）。
（5）檢測標本類型。
用于檢測石蠟切片還是冰凍切片，一般能做石蠟切片的抗體，都可用來檢測冰凍切片，但能做冰凍切片的抗體，不一定能檢測石蠟切片中的抗原。
2、二抗選擇
（1）種屬來源。
主要根據一抗種屬來源來決定購買二抗來源，如一抗是小鼠來源，那二抗就買抗小鼠的即可（羊、兔等均可）。
（2）標記物的選擇。
有HRP、Biotin、熒光素等標記物，一般SP三步法二抗選擇Biotin標記為二抗，與后面的SP結合反應；而免疫熒光染色就需要購買不同熒光素標記的二抗，如羅丹明、FITC、Cy3等常用熒光素。（這主要與后面有無三抗和三抗種類有關）。
（3）選擇IgM還是IgG。
一抗是IgM，二抗就選擇IgM；反之，一抗是IgG，則二抗選擇IgG。
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